A Kelenföld–Százhalombatta közötti szakasz 2017 májusában elindult korszerűsítése után megkezdődött a Pusztaszabolcsig tartó második ütem fejlesztése is.
A Százhalombatta és Pusztaszabolcs közötti vasúti pálya korszerűsítése két szakaszra bontva valósul meg. A Százhalombatta–Ercsi elágazás közötti, 15,7 km hosszú szakasz felújításának keretében 12,98 km hosszan teljesen új nyomvonalon épül ki a kétvágányú pálya. A kivitelezés befejezését követően itt 120/160 km/h sebességgel haladhatnak majd a vonatok. A beruházás keretében teljesen megújul Százhalombatta állomás is. A közlekedés megkönnyítése és az utazók kényelme érdekében korszerű magasperonokat alakítanak ki, új gyalogos peronaluljáró, rámpák, liftek és perontetők épülnek, a térvilágítást is modernizálják. Az állomás környezetében 61 férőhelyes P+R parkoló és 40 férőhelyes B+R parkoló létesül, így kényelmesebbé válik a vasút megközelítése. A korszerűsítés keretében a teljes szakaszon megújul a villamos felsővezetéki hálózat, kiépítik a villamos váltófűtést, 14 műtárgy és hat különszintű csomópont épül vagy épül át. A vasúti zajhatás csökkentésének érdekében 1,2 km hosszan zajvédő falat emelnek. A szakasz kivitelezését az SZ-E Konzorcium végzi nettó 48,2 milliárd forintértékben.
Ercsi elágazás és Pusztaszabolcs között szintén teljesen átépítik a 12,2 km hosszú, kétvágányú vasúti vonalszakaszt, korszerűsítik a kapcsolódó létesítményeket. Összesen 33 km hosszúságú hézag nélküli vágány épül, a villamos felsővezetéki hálózatot felújítják, a villamos váltófűtést kiépítik. A fejlesztésnek köszönhetően 160 km/h lesz az engedélyezett pályasebesség, a szakaszon hatszintbeni csomópont és 10 műtárgy épül vagy épül át. A zaj- és rezgésvédelem szempontjából szükséges helyeken összesen 810 m zajvédő fal létesül. Iváncsa állomás megállóhellyé épül át, teljeskörűen felújítják Pusztaszabolcs állomást is. Mindkét helyen korszerű magasperonok, új gyalogos peronaluljáró, rámpák, liftek, perontetők épülnek, korszerű térvilágítási rendszert létesítenek és elbontják a használaton kívüli állomási épületeket. Iváncsa megállóhelyen 124 férőhelyes P+R parkolót, 56 férőhelyes B+R parkolót, Pusztaszabolcs állomáson 72 férőhelyes P+R parkolót és 120 férőhelyes B+R parkolót alakítanak ki. A szakasz kivitelezését az E-P Konzorcium végzi nettó 38 milliárd forint értékben.
Külön projektben, de a vasúti pálya megújításával összehangolt ütemezésben új elektronikus biztosítóberendezés, korszerű utastájékoztatási és távközlési rendszer épül. Megtörténik az Egységes Európai Vonatbefolyásoló Rendszer 2-es szintjének (ETCS 2) telepítése is a Százhalombatta és Pusztaszabolcs állomás közötti teljes szakaszon. A kiegészítő munkálatok során megvalósul Százhalombatta és Pusztaszabolcs állomások felvételi épületének teljeskörű, illetve Iváncsa állomás felvételi épületének részleges rekonstrukciója. A beruházás részeként korszerűsítenek három állomási és három nyílt vonali útátjárót. A kivitelezést a SIEMENS Termelő, Szolgáltató és Kereskedelmi Zrt. végzi 18,6 milliárd forint értékben.
Az Ercsi elágazás–Pusztaszabolcs közötti szakasz korszerűsítése, a biztosítóberendezés és ETCS 2 kiegészítő munkálatok 2020 decemberében fejeződhetnek be. A Százhalombatta–Ercsi elágazás közötti szakasz átadása pedig ennél is korábban, már 2020 nyarán várható.
